深夜，宋皇闯入宋慈的院内大呼：“宋慈，快来救驾”，随之一支利箭射进宋皇胸内。一声惊叫，宋慈从梦中醒来。宋皇下旨召宋慈进京复职。在回京的路上，宋慈智破了一民间命案，而英姑也在破案中“从天而降”。 宋慈刚刚到京，宫中内侍传旨召宋慈深夜进宫。

第2集

御史王儒璋私访湖州，发现护洪堤长期失修，汛期险情危危，他决定追查朝廷给湖州的五十万缗修堤资金，同时，新任湖州知府曹墨也开始追究五十万缗的下落。 一场洪水冲淹了湖州，洪水中一具尸骨露天现世，知县姜汝成水举尸骨上留下的玉佩，狂呼：“难道老天真要亡我大宋吗”，随后中风倒地。

第3集

曹墨自担了五十缗失踪之责，被押解进狱，临行时，他将玉佩交给妻子玉娘，让她将其交给宋慈。玉娘夜闯提刑司，将玉佩交给宋慈。于是，一场追查“皇室谜案”开始了序幕。

第4集

宋慈狱中夜访曹墨，宋慈告知曹墨玉佩为皇室之物，此案要上奏皇上，深查远究。户部尚书伍德告诉宋皇：不要因区区五十万缗鸿毛之案，乱了王朝安危的泰山之重。 王儒璋深夜狱审曹墨，曹墨宁死不吐五十万缗真情，并要出狱三日，办完灾后之事，而后愿受朝廷罪惩。

第5集

一个皇室贵胄的遗体埋在荒山野外，在史册上应有记载，宋慈来到史馆查寻记载，让宋慈惊讶地是史册上的皇子皇孙生时卒年的史册却被人撤去了几页，还导致一位史官丧命。宋慈推断：这是一场蓄意谋杀。

第6集

宋皇决定让曹墨带罪去完成湖州灾后之事，曹墨皇街上跪谢圣恩。户部侍郎李佑淳告知伍德圣上放了曹墨，并不意味五十万缗专银案结案了。而是有着更大的案底会揭出。让伍德“小心”。 宋慈来到天目山寻访当年的太子太傅阚愚直，宋慈将玉佩展示在阚老先生面前时，二十年没有言语的老先生唤出了一声：“起风了”。

第7集

英姑告诉宋慈这玉佩之案很可能是皇室相残之案，请他不要过深追查，而宋慈却坚定地说：此案是关大宋安危，不揭开这个谜底，消除王朝的隐患，宋某于心何安哪。 宋慈来到中风的姜汝成家，下药留钱给姜治病，他要让姜汝成醒来，揭开这皇室谜案。为了阻止宋慈不陷入皇室谜案中，玉贞搬来了婆母，可婆母却支持宋慈深查此案。 宋慈在史官裴时安家看到了当年裴老史官抄下的皇子皇孙生卒时表，揭开了现今皇上不是先皇亲生之子的秘密。

第8集

宋皇认出那块玉佩是当年太子随身之物，并告诉宋慈当年太子已死于一场火灾中，可这块玉佩又怎么出现在一个荒山野外的尸骨上呢？那现在皇陵中的太子又是何人呢？ 宋皇深夜私进提刑司辨认太子尸骨，为了证实哪具是当年的太子尸骨，宋慈跪求开皇陵验尸。

第9集

根据大宋法律，惊动皇陵诛灭九族。宋母带全家数口受缚在皇陵外的刑台上，等待着宋慈开棺结果。 宋慈手捧尸骨告诉宋皇陵内不是济王尸骨而是一具怀胎十月的女尸，宋皇及众人惊呆了。宋家数口躲过了这场灭族之灾。

第10集

皇陵验尸使太子谜案大白天下。史官裴时安告宋慈此案可以终结了，可宋慈却从丢失的史册上血手印发现了新的线索和疑点，他认为太子失踪与史料被窃有着相密之联。于是，宋慈再进宫奏见圣上。

第11集

宋慈奏请圣上尸骨不能入殓下葬，济王如何致死，又怎么会埋在荒山野外，仍是未解之谜。宋皇告诉宋慈他已下旨为济王举行四十九天的皇家祭礼，他命宋慈在四十九天内查清济王死因，不然后果自负。

第12集

曹墨回到湖州办理灾后事宜。王儒璋私访湖州看到百姓赞敬曹墨之功德，他深感曹墨这样一位清官不可能贪吞专银，他决定去面见曹墨再查真由。 王儒璋的门生邹少卿夜潜曹墨府，告知曹墨御史大人在湖州查专银案，请他小心行事。王儒璋晨访曹府，可曹墨却昨夜飞马进京了。

第13集

曹墨欲见圣上，却被御林军推出宫去。他来到提刑司面见宋慈，向宋慈讲述了：要想真正揭开济王生死之谜，只有让姜汝成开口说话。 英姑将尸骨头颅偷出提刑司，请摸古先生鉴摸其骨，推测人像，结果使她心惊魂呆。此时，宋慈也用尸体的脚骨塑出一个与济王朝靴无法相配的“人脚”。

第14集

宋慈奏报圣上：尸骨不是济王，而是一位船夫，使宋皇大怒。他命宋慈在中秋月圆之日查清济王生死真相。 济王生死之谜震惊了朝廷上下，就在此时，三朝老臣杜汝圭向刑部尚书讲出了当年奸臣废太子立现今圣上为帝的真情。

第15集