当时，谭钟麟挂名吏科给事中，参加阁议，位卑言微。像这种身份的人参加阁议，一般是人云亦云，可奏章传到他手里时，他认真阅读，出人意料地拒绝签名，厉声作色说：“上意未定，才命内阁议决。我们应当认真议。没有议，怎能决，怎能签名？身为御史，就要讲真话，讲实话，一味仰承上意，还要御史做什么？我要单独上奏。”说完拂袖而去。
    会后，他联络四十余名官员联名上奏，为奕 开脱，并晓以利害。他在奏折中慷慨陈词：恭亲王自议政以来，“夙夜在公，尚无贻误，屡荷优诏，奖其贤劳。”恭亲王这么任劳任怨并非是只顾自己的私利，这是天下臣民所看得见的。至于诏见之时言语不检点，自当斥责其过。现在已经天威震慑，他一定会感到愧疚后悔。在现今内忧外患之际，全靠上下一心，同舟共济。如果“庙堂之上，先启猜疑，根本之间，未能和协。骇中外之观听，增宵旰之忧劳，于大局实有关系。”谭钟麟在奏折中说：他作为监察御史，专司上书议论之事，不敢缄默不语，“至于用舍之权，操之自上，非臣下所敢议也”。
    慈禧看到这份奏章后，如梦方醒，但她对奕 还是不放心，于是免去他的议政王，保留他的军机处行走、管理各国事务衙门等职权。原本名不见经传的谭钟麟因此名震京师，也自然获得奕 等权臣的好感，还得到了李鸿章等人的赏识。
    1866年，谭钟麟授浙江杭州府，遗缺知府。所谓遗缺，就是候补，有“缺”则“补”，无“缺”则永远“候”下去。如果没有靠山，没有银两打通关节，是很难补到“缺”的。浙江巡抚马端敏久闻谭钟麟贤达，相见后更感名至实归。所以，谭钟麟一到浙江，马端敏就上奏，请补授其杭州府知府。当时浙江经历太平天国起义后，百端待举，巡抚马端敏“倾心委任，事无大小”，都咨询谭钟麟。
    屡遭战乱的杭州，社会混乱，一些不法分子趁火打劫，鱼肉百姓。豪强徐正魁、张桂林等人多年来横行乡里，杀人越货，强占良家妇女，无恶不作。因其党羽众多，以前官府也莫敢奈何。谭钟麟到任后，决意将他们绳之以法。可是僚属们听说要处决徐正魁、张桂林，连连摇头，说徐广植党羽，势力很大，弄得不好，闹出个官逼民反的变乱，就不好收拾了。他见这些人平时在百姓面前作威作福，这时“谈徐色变”，很是失望，也就不再跟他们商谈此事。他假意专程登门拜访徐正魁，几天以后，他又派人请徐正魁进府“议事”，暗地里部署可靠的捕快埋伏在城里。徐正魁刚进杭州城，便被捕获送进大牢。审清犯罪事实后，当即判决处斩。处决徐正魁时，数千人围观，无不拍手称快。
    谭钟麟“咳惊吴棠”的故事更是绘声绘色。