随着战俘管理逐步走入正轨,一开始反映比较普遍的生活待遇问题慢慢减少,而战俘们要求给予公正政治待遇的问题日益突出。战俘们对被作为战俘关押提出质疑。曾在1939年9月指挥了利沃夫保卫战,后向苏军投降的西科尔斯基将军,10月20日致信乌克兰方面军司令员铁木辛哥,说“推迟释放我们使我们所有人及我们的家属处境极为艰难”,“关押在旧别尔斯克,并且个人自由在这里受到限制,使我们感到极为痛苦”。他希望苏方“采取一切可能的措施,使我们尽快获得自由”。1940年1月7日一批波兰上校上书战俘营,要求确定他们的地位和按照公认的国际准则对待战俘。他们直截了当地提出:“请向我们说明,苏联政府怎么看待我们,确切地说,就是:是否认为我们是战俘?”如果认为是,“我们请求根据各国政府公认的对待战俘的准则对待我们”,“使我们有可能自由求见受权驻苏联政府、负责保护波兰公民利益因而也保护战俘利益的大使馆”。一百多名军医和药剂师也致信伏罗希洛夫,声明是在“履行医生职责时被苏军俘获的”,要求按照日内瓦国际公约关于军事行动期间医生和药剂师权利的有关规定,将他们送往中立国。
要求公正待遇的另一方式,是对关押制度的抵制与抗拒。战俘们有的组织“文化学习活动”小组,鼓动“只用波兰语交谈”,“不为战俘营上工”;有的以蹲禁闭室为荣,能够“不去干活,而且说服了其他人也不去干活”。还有战俘以绝食抗议伙食质量低劣。一些战俘策划在夏天逃出战俘营,投奔芬兰,因为“它正与苏联打仗,如果我们出现在芬兰领土上,何况我们还是军官,芬兰人将不会出卖我们,相反,会接收我们参军,委以军官职务”。某些战俘还酝酿大规模逃跑的计划,为此要消灭战俘营警卫队。战俘们的爱国情绪时有表露,他们认为,“波兰还会像过去的波兰一样存在”,并寄希望于英法来帮助“波兰复兴”;表示出对“正在为波兰的独立而拼杀”的士兵的崇敬。与这种爱国情绪很容易联系起的,是对苏联的不满。一些战俘结合当时苏联的对外政策指出,“苏联成了红色帝国主义国家”;还有战俘自己编辑了“充满了反苏精神”的报纸秘密传看。
应当指出,上述情况并不是战俘营非常普遍的现象,因上述言行被战俘营管理当局处理的人员占的比例很小。但是,数量并不是一个问题意义的全部。正是在这些似乎不是普遍发生的问题上,集中代表和反映了苏联战俘管理体制与波兰战俘之间的矛盾。
战俘营出现的上述情况陆续被上报到内务部。内务人民委员贝利亚在1939年的最后一天下达命令,要求在一个月内“查清他们在苏联国内和国外的全部联系,以及他们所知道的当时派往苏联的原波兰情报机关的间谍”。同时加快在战俘中寻找和发展为苏联服务的谍报人员工作。说穿了,就是波兰战俘的“去”和“留”的问题。它们关系到关押在三座战俘营里的每个战俘的命运。战俘管理局很快整理出一份“1939年12月1日至31日期间各战俘营政治思想状况中的不良现象和特殊事件”的长篇通报,列举了各营反苏情绪和言论、自杀和企图自杀事件、逃跑和企图逃跑事件的情况。把此类材料集中在一起,给人留下深刻印象。此后各战俘营集中报告战俘负面情况的材料接踵而至。原来只在各战俘营例行报告中以“政治思想状况”为题出现的那些内容,现在直接换成了“不良情绪”、“反革命现象”、“特殊事件”等字眼,被汇集起来写成了通报和专门报告。它如同一架风向标,指明苏联领导人开始对哪类材料感兴趣。
1940年2月20日,战俘管理局长索普鲁年科向贝利亚请示,要求给战俘营“减轻负担”。在贝利亚1938年接任内务人民委员后,给监狱和各种集中营“减轻负担”,是他推行的一条“新路线”。因此,索普鲁年科提出为战俘营“减轻负担”的建议,完全符合贝利亚的政策。在报告中,索普鲁年科建议:“将军官中的重病人、完全残废者、结核病患者、六十和六十岁以上的老人(约300人)全部释放回家。将家在乌克兰和白俄罗斯的预备役军官中没有劣迹材料的农艺师、医生、工程师与技术员、教师释放回家。据初步材料估计,这类人员可能释放400-500人。”对另一类人员即边防军军官、司法人员、地主、原波兰总参谋部二处军官、谍报军官等(约400人),他提议办理好案卷,“交内务人民委员部特别会议审查”。实际上,这是又一个分类处理方案,但却不是涉及全体战俘的方案。被建议释放的700-800人,加上需要继续审查的人员,不过1100-1200人,只是两座战俘营人员的一小部分,其他大部分战俘——主要是军官——怎样处理,索普鲁年科没有提及。仅两天后,贝利亚发出指示:“将关押在内务人民委员部旧别尔斯克、科泽利斯克和奥斯塔什科夫营中的原狱吏、谍报人员、奸细、定居者、司法人员、地主、商人及大私有者全部转押至监狱,移交给内务人民委员部各机构。他们的全部材料都移交给内务人民委员部州局的侦查部门进行侦查。这些案卷今后如何处理将另作指示。”3月2日,政治局通过“关于警卫乌克兰苏维埃社会主义共和国和白俄罗斯苏维埃社会主义共和国西部地区国界”的决定,建议内务人民委员部“从今年4月15日起,将被镇压和关押在战俘集中营中的原波兰军队军官、警察、狱吏、宪兵、情报人员、原地主、工厂主和原波兰国家机关高级官员等的家属,共22000-25000户,悉数迁往哈萨克苏维埃社会主义共和国各地区,为期10年”。