1939年 1月，卫立煌任第一战区司令长官，在山西中条山等地率军抵抗日军。1940年兼冀察战区总司令，在山西前线抗战时期与八路军接触较多，对共产党的抗战政策了解很多。但是蒋介石对他越来越不满，卫立煌被革去二级上将衔，随后又被免去河南省主席职务。一个月之后，卫立煌乘车离开洛阳长官司令部前往火车站，途经市区，突然发现沿街许多群众自发设置香案来给他送行。他十分感动，连忙下车步行，一直走到车站。他一进站，军乐齐鸣，集团军总司令部和长官部的同事纷纷走上前来，与他握手言别。可见，卫立煌在当地人们心中的地位和威信。
    
    1943年冬，中国远征军赴缅作战失利，此时，卫立煌被再度起用，被蒋介石任命为中国远征军司令。卫立煌率领反攻部队随机应变，英勇作战，在极其艰苦的条件下渡过了怒江，完成了初期反攻任务。中国军队强渡怒江的成功，震惊中外。
    
    美国的《时代》杂志对卫立煌做了专题评论，并在封面上刊登了他骑马的照片，标题为“常将军卫立煌”。1945年任中国陆军副总司令。1948年任国民党东北“剿匪”总司令、东北行辕代理主任 .到沈阳后固守要点、消极避战，抵制蒋介石指挥，后被蒋介石软禁。1949年 1月李宗仁代理总统后，恢复自由，赴香港。
    
    1945年初，卫立煌（右二）与驻印军新一军军长孙立人（前排左一）率军在缅北会师。
    
    1948年，任国民党东北“剿总”总司令的卫立煌（前排右二）在沈阳视察军事。
    
    1949年 10月 1日，中华人民共和国成立，此时，暂时定居香港的卫立煌心情十分激动，发了一份电报到北京向毛泽东主席致贺。1955年春，周恩来总理写信给卫立煌，希望他返回北京。卫立煌接信后十分高兴，立即秘密到广州。卫氏夫妇到了广州后，将预先准备好的《告台湾袍泽朋友书》交新华社发表，呼吁在台军政友人，认清形势，跟共产党走，为人民尽力。卫立煌回来后，先后担任了政协全国委员会常务委员、国防委员会副主席，并被选为全国人大代表、民革中央常务委员。
    
    1960年 1月 17日，卫立煌因心肌梗塞等病在北京逝世，享年 64岁。1月 20日，周恩来总理在中山公园中山堂主持追悼会。毛泽东、刘少奇、周恩来、朱德、宋庆龄、董必武、陈云和邓小平等中央领导同志送了花圈。卫立煌的骨灰盒安放在八宝山烈士公墓。